Claussen-Simon-Wettbewerb für Hochschulen
Claussen-Simon-Wettbewerb für Hochschulen

 

Projekttagebuch der Universität Hamburg

"Proba et labora: Model Student Lab"

Gewinner beim Claussen-Simon-Wettbewerb für Hochschulen 2016
Projektleiterin: Prof. Dr. Zoya Ignatova

 

Proba et labora: Model Student Lab

Prof. Dr. Zoya Ignatova, Universität Hamburg

1.   Projektidee

Ziel ist es, ein studentisches Labor am Institut für Biochemie und Molekularbiologie zu etablieren, welches sich mit synthetischer Biologie beschäftigt und diese vorantreibt. 
Die Synthetische Biologie ist eine moderne Disziplin der biowissenschaftlichen Forschung mit einem besonders fachübergreifenden Charakter im Grenzbereich konventioneller Grunddisziplinen, wie Biologie, Chemie, Physik, Mathematik, Informatik und Ethik. Die Synhetische Biologie versteht man als Design und Integration neuer Komponenten, Eigenschften und physiologischer Aktivitäten in einer biologischen Zelle (sehr oft Einzellerorganismen), um gezielt neue Eigenschaften zu entwerfen und auch ganz neue Systeme zu erschaffen, die neuartige Möglichkeiten eröffnen, u.a. Entwicklung von neuen Impfstoffen, Medikamenten und verbesserten Diagnostika. Dabei werden nicht die Eigenschaften existierender Organismen verbessert, sondern biologische Zellen kreativ mit neuen Komponenten ausgestattet, die in der Natur in dieser Form bisher nicht vorkommen. Das hohe wirtschaftliche Potential wird aber mit einer starken Diskussion im Zusammenhang mit ethischen Aspekten und Verantwortung verbunden, da die Risikopotentiale der Synthetischen Biologie an die Risikopotentiale der Gentechnik anknüpfen. 
Die Umstrukturierung der Studiengänge im Zuge der Bologna-Reform hat in Hamburg im Bereich der Biowissenschaften ein lineares Lehrkonzept stimuliert, in welchem die einzelnen Disziplinen nur selten verknüpft werden. Dieses Projekt soll eine Verknüpfung theoretischer Lehrinhalte mit dem praktischen Test einer selbstständig entwickelten Idee ermöglichen, um somit nachhaltig interdisziplinäre Aspekte einer guten wissenschaftlichen Ausbildung in das Lehrkonzept zu integrieren. Folgende Ziele werden damit erreicht:
-   Lehrinhalte einzelner Diszplinen miteinander verknüpfen und studiengangsübergreifende Projekte und Lehrveranstaltungen schaffen;
-   den Studierenden Raum für Kreativität und Verantwortung bieten;
-   Lehrkonzepte in einem praktischen Zusammenhang bringen; 
-   die Ideenentwicklung bis hin zur Projektplanung und Finanzierung des Vorhabens den Studierenden überlassen:
-   universitätsübergreifende Kommunikation und Internationalität fördern.
Aus diesen Zielen entstand die Idee, den Studierenden freien Raum zu gestalten, um ein eigenes Projekt sowohl konzeptionell als auch wissenschaftlich zu erarbeiten und selbstständig durchzuführen. Großes Interesse und Engagement seitens der Studierenden hat bereits 2015 eine Pilotphase initiiert, bei der eien Gruppe von Studierenden eine fachübergreifende Projektidee formuliert haben, diese selbständig experimentell getestet haben und damit am internationalen Forschungswettbewerb iGEM (international genetically engineered machine) teilnehmen. 
Diese neue Veranstaltung verknüpft den neugesetzten interdisziplinären Forschungsfokus der Universität Hamburg in der Synthetischen Strukturbiologie mit der Ausbildung einer neuen Generation von Studierenden, die früh in ihrer Ausbildung der Einzelfach-Linearität der Bologna-Reform „ausweichen“ und ein fachübergreifendes Denken entwickeln. Dadurch wird dieser Forschungsfokus in den weiterführenden Forschungsarbeiten (u.a. PhD) vorangetrieben und es wird zur Etablierung Hamburgs als Standort interdisziplinärer naturwissenschaftlicher Forschung beigetragen. 

2.   Projektkonzept

Ein neues Modul „Projektdesign Synthetische Biologie“ wird geschaffen, welches auf Interdisziplinarität und dem Zusammenspiel verschiedener, wissenschaftlicher Fähigkeiten basiert, sodass die Veranstaltung curriculär im Wahlbereich folgender Studiengänge intergriert werden soll: 

Molecular Life Sciences

Biologie

Chemie

Nanowissenschaften

Bioinformatik

Physik

Die Veranstaltung ist offen für Studierende im Master- oder Bachelor-Studium, wobei Studierende der Bachelor-Studiengänge das Grundstudium (1. – 4. FS.) abgeschlossen haben müssen, da theoretische Grundlagen aus den ersten Studienjahren vorausgesetzt werden. 
Der Schwerpunkt des Moduls liegt auf der Verknüpfung interdisziplinärer Lehrinhalte, die durch begleitende Seminare und die selbstständige, praktische Umsetzung im Labor vermittelt werden. Den Studierenden wird Raum für Kreativität und eigene Entfaltung geboten, um ihre eigenen Ideen experimentell umzusetzen. Das gesamte Modul soll durch die Studierenden weitgehend selbstständig gestaltet werden, sodass sich ein vollständig abgeschlossenes Projekt ergibt. Die Studierenden sollen die Konzipierung bis hin zur experimentellen Umsetzung, Organisation und Finanzplanung selbstständig vorantreiben. Entsprechende Seminare durch Finanz- und Rechtswissenschaftler werden in das curriculäre Seminar integriert, um den Studierenden bei der Finanzplanung der Experimente zu helfen. 

Dieses in sich geschlossene Konzept, von der Entwicklung einer Idee über den experimentellen Nachweis bis hin zu ihrer Verteidigung und Präsentation sowie dessen finanzielle Verwaltung, stellt eine einmalige Konstellation einer Lehrveranstaltung dar, die folgende Effekte erreichen wird: 

Ausbildung fächerübergreifender Fähigkeiten

Förderung selbständiger experimenteller Arbeit 

Förderung von Kreativität und Verantwortungsbewusstsein

Vermittlung ergänzender Fähigkeiten, wie Konzept- und Finanzplanung, Teamarbeit, Präsentationstechniken und Wissenschaftskommunikation. 

Förderung der Innovativität und Etablierung nationaler und internationaler Bekanntheit, studentischer naturwissenschaftlicher Forschung und Lehre der Hansestadt Hamburg

Um die praktische Arbeit in einen wissenschaftlichen Kontext zu setzen, wird angestrebt im jeweiligen Sommersemester am internationalen iGEM-Wettbewerb teilzunehmen. Über 250 Teams von Studierenden aus der ganzen Welt treten jährlich in einem Wettbewerb gegeneinander an, um ihre innovative, experimentell getestete Idee zu präsentieren und zu verteidigen. Neben dem naturwissenschaftlichen Anspruch stimuliert dieser Wettbewerb die Koordination der Aufgaben sowie Teamarbeit und vermittelt Kernkompetenzen im Bereich der Präsentationstechnik und der medialen Aufbereitung.
Vorgesehen wird, dass die Studierenden, das Forschungskonzept und ihre experimentellen Ergebnisse auf nationalen Kongressen (z.B. der Tagung der Deutschen Gesellschaft für Biochemie udn Molekularbiologie) präsentiert. Dadurch wird der Austausch mit jungen Wissenschaftlern bundesweit gefördert und zum anderen die Bekanntheit des Wissenschaftsortes Hamburg erhöht. 
Im Anschluss an den praktischen Teil der Projektphase sollen die Studierenden ihre Erfahrungen an diejenigen Studierenden weiter vermitteln, die im Wintersemester neu dazustoßen. Zu diesem Zweck sollen die erfahrenen Studierenden einige Seminare gestalten und Lehre von Studierenden für Studierende anbieten. Dieser horizontale Wissenstransfer wird die Kommunikation unter den Teilnehmern noch steigern und ermöglicht eine langfristige Qualitätssteigerung des gesamten Projektes, aufbauend auf den Erfahrungen der Vorgänger. Darüber hinaus wird auch hier wiederum den Studenten angeboten, Erfahrungen im Präsentations- und Lehrbereich zu sammeln.

3.   Zusammensetzung der Lehrveranstaltung

Das Modul wird sich aus einem begleitenden Seminar und einem Praktikum zusammensetzen. Im Rahmen des Seminars werden über das ganze Jahr folgende Themen erarbeitet:

Theoretische Grundlagen der synthetischen Biologie

Ethische Aspekte der synthetischen Biologie

Ideenentwicklung und Konzipierung der Experimentalphase

Finanzierungsplanung naturwissenschaftlicher Projekte

mediale Aufarbeitung des Projekts und Präsentation für Fach- und Laienpublikum

Das Seminar wird im Winter- und Sommersemester stattfinden, das Praktikum nur im Sommersemester. Die Seminare werden von dem verantwortlichen Dozent durch Kompetenzschulungen externer Fachreferenten in der synthetischen Biologie und im Finanz- oder Ethikbereich komplettiert. So wird eine vollwertige Lehrveranstaltung im Bereich der Synthetischen Biologie geschaffen. Im Rahmen des Seminars sollen alle Studierende Kurzreferate halten, um aktuelle Themen und Methoden der synthetischen Biologie vorzustellen. Diese sollen als Vorlage für ihre Ideenentwicklung und Auswahl eines experimentellen Projektes dienen. 
Im Praktikum wird nur eine Forschungsidee umgesetzt, die zuvor im Seminar in einer offenen Diskussion aus den studentischen Vorschlägen erarbeitet wird. Auswahlkriterien eines Themas für die experimentelle Projektphase sind die Innovation, Einzigartigkeit, Finanzierbarkeit und praktische Durchführbarkeit – im Zeitrahmen von drei Monaten – sowie Nachhhaltigkeit. Im theoretischen Teil der Lehrveranstaltung, dem Seminar, ist die Anzahl der Teilnehmer unbeschränkt, für das Praktikum sollen bis zu 20 Studierende zugelassen werden. Aus Sicherheitsgründen können im dafür zur Verfügung stehenden Laboratorium bis zu 20 Studierenden experimentell arbeiten. Diese Größe stellt eine optimale Gruppengröße dar, um die vielfältigen Aufgaben des Projektes umsetzen zu können und gleichzeitig produktiv und fokussiert experimentell zu arbeiten. Auch darf die Teamleitungskompetenz der Studierenden an dieser Stelle nicht überfordert werden. Durch ein überlappendes Veranstaltungsangebot (u.d. Finanz- und Ethikseminare, Gastvorträge udn Präsentiationen) könne sehr viele Studierende von diesem Konzept profitieren. Durch das nachhaltige Konzept dieses Modulas haben alle Studierenden während ihres Studiums die Möglichkeit, an dieser Lehrveranstaltung, im Bachelor- oder Masterabschnitt ihres Studiums teilzunehmen.
Die Auswahl der Teilnehmer erfolgt individuell anhand der Motivation und dem Ideenbeitrag zu der wissenschaftlichen Fragestellung in der 2. experimentellen Phase. Die jeweilige Teilnahmeoption für die Lehrveranstaltung wird mit ensprechenden Leistungspunkten abgebildet.
Die Vorträge sowie die dazugehörigen Diskussionen sollen auf Englisch stattfinden, um Präsentationstechniken und Sprachkenntnisse auf wissenschaftlichem Niveau zu verbessern. Die Vorträge, Tagunsteilnahme sowie die Präsentation des Projektes beim iGEM-Wettbewerb vermitteln Kernkompetenzen im Bereich der Präsentationstechnik und der medialen Aufbereitung.


4.   Einfluss und Nachhaltigkeit

Das Projekt fördert Engagement und Selbstständigkeit und bietet allen interessierten Studierenden im Bachelor- oder Masterabschnitt ihres Studiums Raum für Kreativität und Entfaltung. Die Studierenden werden motiviert über den „Tellerrand“ des Lehrplans hinauszublicken, eigene Ideen zu entwickeln und diese experimentell umzusetzen. Die Studierenden erlernen so neben praktischen Methoden auch Fähigkeiten, die aktuell nicht im Lehrplan enthalten sind, wie zum Beispiel Finanzplanung, Marketing, Projektplanung und Zeitmanagement. Darüber hinaus wird, im Rahmen der Tagunspräsentationen sowie des iGEM-Wettbewerbs, der Kontakt zwischen Studierenden deutschlandweit, aber auch international, vorangetrieben und die Attraktivität des Studienstandortes Hamburg maßgeblich gesteigert.
Die Ideen der Studierenden werden unmittelbar mit begrenzenden Aspekten (Finanzierbarkeit, zeitlicher Rahmen, Ethik) in Zusammenhang gebracht, um sie realitätsnah auf das spätere Berufsleben vorzubereiten. Dabei lernen die Studierenden auch Probleme zu erkennen und Lösungskonzepte zu erarbeiten. Dieses Jahr zum Beispiel haben sihc die Studierenden vorgenommen, ein kostengünstigeres Diagnoseverfahren für sexuell übertragbare Krankheiten zu entwickeln, um die betroffenen Personen in Entiwcklungsländern fianziell zu entlasten.
Rahmenveranstaltungen, wie zum Beispiel Vorträge von Gastwissenschaftlern, Diskussionsrunden zu ethischen Fragestellungen, Schulungen zur Arbeitssicherheit oder auch Fahrten zu Tagungen, können auch von anderen Studierenden genutzt werden und werden sich so positiv auf alle assoziierten Studiengänge auswirken.
Die Etablierung eines vollwertigen Moduls sowie der dazugehörigen, langfristig nutzbaren Laborräume ermöglicht eine, theoretisch, unbegrenzte Fortführung des Konzeptes. Langfristig kann eine Refinanzierung neuauftretender Kosten durch die Akquisearbeit der Studierenden erwartet werden. 


 

Redakteurin: Merrit Rothe

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Bei der Affinitätschromatographie handelt es sich ein um Trennverfahren, mit dem wir spezifisch Proteine aus einer Lösung von anderen Proteinen oder Stoffen aufreinigen können. Auf dem Foto seht ihr den Aufbau einer Affinitätschromatographie. Hierbei wird die Lösung oben in eine Trennsäule gegeben. Je nach Volumen der Lösung kann die Größe der Säule variieren. In der Trennsäule befindet sich eine feste Matrix mit einem Liganden, an den das zu isolierende Protein bindet. Ein bekannter Säulentyp, den wir viel an der Uni benutzen,  ist eine Ni2+-Säule. An die Ni2+-Ionen binden Proteine mit einem Polyhistidin-Tag (His-Tag) und werden so aus der Lösung ‚gefischt‘. Diese Art der Affinitätschromatographie wird auch als ‚Immobilized Metal Affinity Chromatography‘ (IMAC) bezeichnet, da hier Metallionen als Liganden dienen. Die übrige Lösung wird unter der Säule in einem Behältnis aufgefangen. Wenn die Lösung komplett durch die Säule gelaufen ist, wird diese mehrfach mit einer Waschlösung gespült. Das Zielprotein bleibt hierbei an der Matrix gebunden. Nach dem Waschen wird das Protein von der Matrix gelöst. Dies geschieht in dem eine Lösung mit einem Stoff auf die Säule gegeben wird, der eine größere Affinität zu den Ni2+-Ionen besitzt als das Zielprotein. Es wird von der Matrix verdrängt und kann in einem neuen Behältnis aufgefangen werden. Die linke Säule auf dem Bild befindet sich gerade in diesem Schritt. Das Volumen der Endlösung soll relativ klein gehalten werden, damit das isolierte Protein konzentrierter vorliegt. Daher reicht hierfür ein Eppi zum Auffangen der Lösung. Die rechte Säule hingegen wird gerade gewaschen. Das Volumen an Waschpuffer ist im vergleich zum Isolationsschritt sehr groß. Bei uns im Labor kommt diese Methode meist im Zuge einer Aufreinigung von Gelbanden zum Einsatz.

Redakteurin: Merrit Rothe

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Im Treppenhaus in der Uni stand heute ein ganzer Karton voll unbenutzter 1mL Pipettenpitzen zu verschenken". Den Karton haben wir natürlich gleich mitgenommen und in unser Labor gebracht. Pipettenspitzen werden bei uns sehr sehr viel genutzt, daher können wir die Spitzen gut gebrauchen. Über so einen unerwarteten Fund freut man sich auch immer gleich doppelt. In Laboren wird oft sehr viel weggeschmissen und es gibt vor allem eine Menge Plastikmüll. Es ist aus diesem Grund immer schön, wenn Dinge nicht unnötig einfach weggeschmissen werden, sondern Menschen sich Gedanken machen wie man diese Dinge wiederverwenden kann. In unserem Labor wurden beispielsweise einige alte Glasgeräte gefunden, die sich über die Jahre angesammelt hatten, aber keine Verwendung mehr fanden. Wir haben diese Glasgeräte ordentlich geputzt und weitergegeben. Solche Glasgeräte für chemische Labore werden aufwendig von Glasbläsern hergestellt und da wäre es viel zu schade, sie einfach in den Müll zu werfen. Viele Chemiestudenten freuen sich über so etwas. Also immer nochmal kurz nachdenken über seinen "Müll"!

Redakteurin: Merrit Rothe

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Die Polymerasenkettenreaktion, abgekürzt und allgemein bekannt unter PCR (engl. Polymerase Chain Reaction), ist seit über 30 Jahren eine wichtige Methode in der Biochemie. Im Jahre 1983 wurde sie von dem Biochemiker Kary Mullis entwickelt, welcher dafür 10 Jahre später sogar einen Nobelpreis bekam. Genau wie die Gel-Elektrophorese habe ich sie ganz zu Anfang meines Studiums kennengelernt.

Wofür ist die PCR gut?
Mit Hilfe der PCR können definierte Abschnitte einer DNA vervielfältigt werden. Dies ist von besonderem Interesse, wenn nur geringe DNA-Mengen in zu untersuchenden Proben vorhanden sind. Mit einer größeren Menge Probenmaterial lässt es sich meist besser und umfangreicher arbeiten. Der zu vervielfältigende DNA-Bereich lässt sich von individuell designten Primern abstecken. Primer stellen Startpunkte für die DNA-Synthese dar, welche von dem Enzym DNA-Polymerase durchgeführt wird. Bei der PCR werden mehrere Zyklen (Runden) von 3 Arbeitsschritten durchlaufen. Am Anfang findet eine Denaturierung der bereits vorhandenen DNA bei 94°C statt, denn nur an Einzelsträngen kann die DNA-Polymerase binden, um einen komplementären Strang zu synthetisieren. Der nächste Schritt wird als Annealing bezeichnet. Hier lagern sich die Primer an die denaturierte DNA an und markieren die Ausgangspunkte für die DNA-Polymerase. Die Arbeitstemperatur beträgt hier meist zwischen 55-65°C. Die genaue Temperatur wird allerdings abhängig von den eingesetzten Primern individuell berechnet. Der dritte Schritt heißt Elongation. Dabei wird bei 72°C die DNA-Vorlage von der DNA-Polymerase in den Primer-markierten Bereichen vervielfältigt. All diese Schritte finden heutzutage in einer PCR-Maschine statt, bei der Länge und Temperatur der Schritte eingestellt werden können. Die Anzahl der DNA-Moleküle steigt mit jedem Zyklus exponentiell an. Je nachdem wie viel DNA benötigt wird, so viele Zyklen werden durchlaufen. Auf dem Foto seht ihr die beiden PCR-Maschinen auf unserer Laborbank.

Redakteurin: Merrit Rothe

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Unser Team hat jetzt eigene Visitenkarten, ganz edel mit goldenem Aufdruck! Auf dem Foto seht ihr den Entwurf der Vorder- und Rückseite. Gedruckt ist die goldene Schrift etwas hervorgehoben, sodass man sie beim darüberstreichen spüren kann. Der Entwurf stammt von einem unserer Teammitglieder. Wir sind froh, unter uns ein so tolles Designtalent zu haben, das alle unsere Grafiken entwirft. Bei unseren Postern konnten wir so immer genau umsetzen, was wir uns vorgestellt haben und für unsere Wiki-Seite wird dies auch von großer Bedeutung sein. Über die Visitenkarten freuen wir uns besonders. Auf der Giant Jamboree in Boston werden wir diese an andere Teams und die Juroren verteilen. So bleiben wir im Kopf und man kann uns leicht erreichen. Bei iGEM merken wir durch solche Kleinigkeiten, dass zur Umsetzung eines wissenschaftlichen Projekts nicht nur Wissenschaftler benötigt werden. Die Präsentation ist extrem wichtig, das Projekt muss verständlich sein und natürlich äußerst positiv rüber gebracht werden. Dafür benötigt es Personen, die gut präsentieren können und Personen, die die Präsentation an sich anschaulich gestalten können. Für unsere Webseite brauchen wir jemanden mit IT-Kenntnissen und um unser Team anleiten zu können, brauchen wir Personen mit Einfühlungsvermögen aber auch Durchsetzungsvermögen. Um nur ein paar der unterschiedlichen Qualifikationen zu nennen. Aber aus diesem Grund sind wir auch ein Team mit vielen verschiedenen Charakteren. 

Redakteurin: Merrit Rothe

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Vor einiger Zeit haben wir über das Thema Plasmide gesprochen. Diese Ringförmige DNA lässt sich einfach in Zellen oder Bakterien einbringen und wird in der Gentechnik als Transporteur von DNA verwendet. Der Begriff Backbone bezeichnet in diesem Zusammenhang das Grundgerüst des eingebrachten Plasmids. Denn in der synthetischen Biologie gibt es Standardplasmide (Backbones), die für den individuellen Gebrauch als Vorlage dienen und daran angepasst werden können. Diese Plasmide enthalten zum einen einen Selektionsmarker, damit eine erfolgreiche DNA-Übertragung festgestellt werden kann. Zum anderen besitzen sie eine multiple cloning site (MCS), welche die Integration von DNA in das Backbone erleichtert. Für verschiedene Zwecke gibt es auch verschiedene Backbones, z.B. für die Expression von Proteinen mit verschiedenen Tags wie GFP, die Lagerung von DNA oder etwa die Veränderung des Wirtsgenoms. In die Backbones kann der Benutzer dann individuell Gene oder andere Features einfügen. Die Standardplasmide von iGEM, die wir euch vorgestellt haben (pSB1A3, pSB1C3 und pSB1K3), sind also auch nichts anderes als Backbones, mit denen jedes Team individuell arbeitet. Auf dem Foto seht ihr die Plasmidkarte von pUC19. Dieses Standardplasmid ist außerhalb von iGEM ein sehr häufig verwendetes Backbone und allgemein bekannt. Hier seht ihr eine Ampicillin-Resistenz als Selektionsmarker (AmpR) und die MCS.

Redakteurin: Merrit Rothe

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Diesen Sonntag geht es um eine der meist verwendeten Bakterienarten in der synthetischen Zellbiologie: Escherichia coli (E.coli). Entdeckt wurde diese Gattung von dem deutschen Kinderarzt und Mikrobiologen Theodor Escherich, der ihr auch ihren Namen gab. Natürlicherweise kommt E. coli im Darm von Menschen und Tieren vor und ist als Vitaminproduzent ein wichtiger Bestandteil der Darmflora. Von der Gattung E.coli existieren viele unterschiedliche Stämme, von denen einige humanpathogen sind und Infektionen hervorrufen können. Da das Genom einiger E. coli Stämme vollständig aufgeklärt ist, haben diese Stämme eine wichtige Rolle als Modellorganismus in der synthetischen Zellbiologie eingenommen. In unserem Labor arbeiten wir ebenfalls mit E.coli und im Laufe unseres Studiums ist uns dieses Bakterium schon sehr oft über den Weg gelaufen. Mit den heutigen molekularbiologischen Mehoden kann das Genom von E. coli sehr leicht verändert und die Auswirkungen untersucht werden. Wir versuchen z.B. eine Transformation von verschiedenen Plasmiden mit nur einer einzigen Antibiotikaresistenz bei E. coli durchzuführen. Auf dem Foto seht ihr zwei Kulturröhrchen, in dem rechten befindet sich eine Nährmedium mit gewachsenen E.coli Bakterien, die für die Trübung des Mediums verantwortlich sind. 

Redakteurin: Merrit Rothe

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Die Giant Jamboree rückt näher und wir haben uns Gedanken über die bestmögliche Präsentation unseres Projekts gemacht. Dieses Jahr nehmen über 350 Teams am iGEM Wettbewerb teil und wir wollen erreichen, dass unser Projekt für die Teilnehmer und vor allem für die Juroren verständlich ist und im Kopf bleibt.  Aus diesem Grund haben wir den Wissenschaftskommunikator Prof. Dr. Große Ophoff für ein Interview zu uns nach Hamburg eingeladen. Prof. Dr. Große Ophoff ist Leiter der DBU (Deutsche Bundesstiftung Umwelt),des Zentrums für Umweltkommunikation in Osnabrück und hat durch seinen Job eine Menge Erfahrung bei der Vermittlung von wissenschaftlichen Themen an die verschiedensten Zielgruppen gesammelt. Bei unserem Interview konnte er uns viele Kleinigkeiten nennen, die helfen, unser Projekt verständlicher und einprägsamer zu machen. Eines seiner Schlüsselworte war hierbei ‚Emotionalität‘. Damit wir Menschen uns etwas gut merken können, hilft es enorm, mit der Sache etwas Persönliches zu verbinden. So riet uns Prof. Dr. Große Ophoff z.B. beim Vorstellen unseres Posters zur Veranschaulichung Geschichten aus unserem Alltag mit einfließen zu lassen. Viele Situationen haben andere Menschen genauso erlebt wie wir und erinnern sich dadurch besser an unser Projekt. Des Weiteren gab Prof. Dr. Große Ophoff uns den Tipp, ein Teamfoto mit auf unser Poster zu drucken, denn so wirkt es gleich persönlicher. Ein anderer wichtiger Hinweis war der Gebrauch von möglichst vielen, einfachen Bildern. Die meisten Teilnehmer und auch die Juroren werden auf Grund der Masse von Informationen und aus Zeitmangel nicht in der Lage sein, lange Texte zu lesen. Wir als Team können dann viel besser mit den Leuten ins Gespräch kommen und die Bilder selbst ausführlich erklären. Zusammengefasst war unser Interview mit Prof. Dr. Große Ophoff ein voller Erfolg und wir sind sehr froh, dass er sich für uns Zeit genommen hat. 

Redakteurin: Merrit Rothe

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Diesen Sonntag beschäftigen wir uns mit einem der bekanntesten und am häufigsten eingesetzten Marker der Zellbiologie. Das Green Fluorescent Protein (GFP) ist ein Fluoreszenzprotein, welches bei  Anregung mit Licht einer bestimmten Wellenlänge grün fluoresziert. Das für GFP codierende Gen kann in der synthetischen Zellbiologie an ein zu untersuchendes Gen gekoppelt werden. Die Proteine der beiden Gene hängen dadurch nach der Synthese aneinander. Nun kann mit Hilfe eines Fluoreszenzmikroskops bestimmt werden, ob das zu untersuchende Gen überhaupt ein Produkt hervorgebracht hat oder wie sich das produzierte Protein in einem Organismus bewegt bzw. verteilt. Dies ist insbesondere für in vivo Untersuchungen sehr nützlich.Auf dem Bild seht ihr eine Aufnahme von grün fluoreszierenden HeLa-Zellen. Bei dieser humanen Zelllinie wurde untersucht, ob die durchgeführte Transfektion mit einem GFP-enthaltenden Plasmid funktioniert hat. Da das Bild bei einem meiner ersten Laborpraktika entstanden ist, ist es leider etwas unscharf, aber mit etwas Erfahrung sehen Fluoreszenzaufnahmen sehr klar aus.GFP stammt übrigens ursprünglich aus der Qualle Aequorea victoria und wurde von den Wissenschaftlern Osamu Shimomura, Marty Chalfie  und Roger Tsien zu einem biologischen Werkzeug entwickelt.

Redakteurin: Merrit Rothe

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Eine Sache, die uns allen im Laufe unserer bisherigen wissenschaftlichen Laufbahn aufgefallen ist, ist die Tatsache, dass jedes Labor anders ist und seinen eigenen Charakter hat. Jede Arbeitsgruppe hat für die gleichen Versuche leicht abgewandelte Protokolle, die Geräte werden auf unterschiedlichste Art und Weisen bedient und die Ordnung ist sowieso überall anders. Unerklärlicherweise funktionieren bestimmte Experimente in manchen Laboren auch besser als in anderen, auch wenn sie genau gleich durchgeführt werden. Auf dem Bild seht ihr den Teil unseres Labors, den wir am häufigsten nutzen. In den letzten Monaten haben wir viele Stunden hier verbracht und jeder hat seinen Teil zu unserer eigenen Ordnung beigetragen. Dadurch, dass wir für unsere Arbeit selbst verantwortlich sind und alles selbst organisieren, haben wir für unsere Materialien und Geräte eine besondere Wertschätzung entwickelt. Wir achten darauf, dass alle Arbeiten ordentlich durchgeführt werden und die Geräte sachgerecht benutzt werden. Denn ohne Labor könnten wir nicht an iGEM teilnehmen. 

Redakteurin: Merrit Rothe

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Das iGEM-Team Düsseldorf hat in diesem Jahr das German-Meetup ausgerichtet und wir waren dabei. Mit unserem verbesserten Poster und neuen Erkenntnissen haben wir unser Projekt den anderen deutschen Teams präsentiert. Bei diesem Meetup gab es einige Angebote zum Thema Vortragen und Präsentieren. Bei der Abschlusskonferenz Ende Oktober müssen wir nämlich nicht nur ein Poster präsentieren, sondern unser Projekt auch in einem kurzen Vortrag vorstellen. Ein Vortrag vor ein paar tausend Menschen und vor allem Juroren bedeutet eine Menge Vorbereitung. In dieser Hinsicht konnten wir eine Menge Tipps aus Düsseldorf mitnehmen. Es war außerdem sehr schön, ein paar bekannte Gesichter wiederzusehen und von den Fortschritten der anderen Teams zu hören.

Redakteurin: Merrit Rothe

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Ausnahmsweise wird der Science Sunday mal zum Monday. Heute geht es um die Methode der Gel-Elektrophorese. Im Labor nutzen wir sie fast jeden Tag. Mit dieser Technik werden DNA-Stränge oder DNA-Fragmente ihrer Größe nach aufgetrennt. Wie der Name schon sagt wird hierfür ein Gel verwendet, durch dessen Poren die DNA-Stränge wandern. Die Bewegung der DNA wird durch das Anlegen einer elektrischen Spannung erreicht. Da das DNA-Rückgrat negativ geladen ist, wandern die Fragmente von der Kathode (-) zur Anode (+). Dabei bestimmen Porengröße und Spannung die Geschwindigkeit mit der die DNA-Stränge durch das Gel wandern. Auf dem Bild seht ihr eines unserer vorbereiteten Gele. Eine Spannung wurde noch nicht angelegt. Ganz oben seht ihr die Taschen im Gel, die mit unseren Proben befüllt wurden (9 Proben). Den Proben wurde ein Farbstoff beigemischt, damit die Laufweite verfolgt werden kann. Die Tasche ganz links haben wir mit einem Marker befüllt. Dieser wird bei der späteren Auswertung benötigt, um die Größe der DNA-Fragmente zu bestimmen. Denn nach einer gewissen Laufzeit liegen DNA-Stränge mit gleicher Länge auf derselben Höhe im Gel und ungleiche DNA-Stränge auf unterschiedlichen Höhen. 

Redakteurin: Merrit Rothe

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Viele Gene unserer Erbinformation codieren für Proteine. Diese sind an allen möglichen Prozessen in unserem Körper beteiligt. Das Enzym α-Amylase 1 ist z.B. ein Protein, das im Speichel des Menschen vorkommt und dort Stärke und Glykogen spaltet. Bei der Proteinbiosynthese handelt es sich um die Bildung von Proteinen. Dabei wird zunächst die DNA abgelesen und eine komplementäre mRNA (messenger RNA) aufgebaut. Dies geschieht mit Hilfe der RNA-Polymerase (auch ein Protein), sie dient bei der Bildung der mRNA aus Nucleotiden als Katalysator. Dieser Schritt wird als Transkription bezeichnet. Im Anschluss an die Transkription findet die Translation statt. Hierbei wird die mRNA ‚übersetzt‘. Das heißt, dass die Basenfolge der mRNA dazu genutzt wird, die richtige Abfolge von Aminosäuren zu einer Aminosäurekette aneinander zu binden. Aus dieser Kette entsteht durch eine spezifische räumliche Anordnung und Faltung das funktionstüchtige Protein. Die Proteinbiosynthese ist ein Prozess der Genexpression. Auf dem Foto seht ihr eine Abbildung des Proteinsynthese-Mechanismus bei unserem Projekt. Das ‚Output gene‘ codiert für ein Protein von Interesse und wird erst nach Öffnen der RNA-Schleife abgelesen. Durch diesen Regulationsmechanismus (öffnen und schließen der Schleife) können wir bestimmen, wann die Proteinbiosynthese für unser Protein von Interesse einsetzt.

Redakteurin: Merrit Rothe

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Die Genexpression bezeichnet den Weg, auf dem die genetischen Informationen auf unserer DNA umgesetzt werden. Also den Weg vom Gen zum Genprodukt. Wenn ein Gen exprimiert wurde, dann wurde das jeweilige Genprodukt von der Zelle hergestellt. Im Bereich der synthetischen Biologie wird die Bezeichnung häufig im Zusammenhang mit der Synthese von Proteinen verwendet. Dies liegt daran, dass in der synthetischen Biologie spezifisch Proteine in Zellen eingebracht werden oder ihre Synthese künstlich induziert wird. So können Zellen z.B. zu Analysezwecken mit Fluoreszenzproteinen markiert werden oder in der Industrie spezifische Stoffe von Mikroorganismen produziert werden. Die Genexpression beinhaltet dabei die Prozesse der Transkription und Translation sowie die dazu ablaufenden Prozessierungen und Modifikationen der mRNA. Auf dem Foto seht ihr eine Petrischale aus unserem Labor, in der viele kleine E.coli Bakterienkolonien gewachsen sind. Wir benutzen Bakterien, um von ihnen Plasmide vervielfältigen zu lassen. Ob das gelungen ist, sehen wir an exprimierten Markerfarbstoffen, die die Kolonien einfärben. Wenn die Kolonien in der Petrischale rot wären, wüssten wir z.B. dass nicht das richtige Plasmid hergestellt wurde.

Redakteurin: Merrit Rothe

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Eine unserer Hauptbeschäftigungen im Labor ist momentan die Gelextraktion. Wenn wir unsere PCR-Produkte durch Gelelektrophorese aufgetrennt haben, schneiden wir die passenden Banden aus dem Gel aus und extrahieren Schritt für Schritt unsere Produkte. Den ersten Schritt der Gelextraktion seht ihr auf dem Bild. Hier werden die herausgetrennten Gelstücke zusammen mit einem Bindepuffer bei 55°C inkubiert. So löst sich das Gel auf und kann auf eine Trennsäule aufgetragen werden. Leider funktioniert eine Gelextraktion nicht immer gut und die Ausbeuten variieren sehr stark. Um Ursachen hierfür bei der Gelextraktion an sich so gut wie möglich auszuschließen,  haben wir unser Standardprotokoll etwas abgeändert und ein paar Tricks eingebaut. Denn im Labor hilft es nicht immer, sich genau an das Protokoll zu halten.

Redakteurin: Merrit Rothe

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Auf dem Bild seht ihr eines unserer Standardprogramme, das wir für unsere PCRs nutzen. In unserer PCR-Maschine sind mindestens 20 solcher Standardprogramme eingespeichert. Es erleichtert einem die Arbeit sehr, wenn man nicht jedes Mal jeden Schritt erneut eingeben muss. Allerdings sammeln sich so auch schnell die verschiedensten Programme an und wir müssen defintiv bald mal ein wenig ausmisten auf unserem Gerät. Eine weitere Funktion, die wir an unserer PCR-Maschine nicht wissen wollen, ist die Möglichkeit eine Gradient-PCR durchzuführen. Dabei werden verschiedene Proben verschiedenen Annealing-Temperaturen ausgesetzt und so können die optimalen Annealing-Temperaturen ermittelt werden. Zurzeit starten wir jeden Tag neue PCRs, um Teile für unsere finalen Plasmide zu erhalten. Diese Teile werden dann mittels Golden-Gate-Klonierung zusammengefügt zu einem Plasmiden.

Redakteurin: Merrit Rothe

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Heute schien die Sonne so hell in unser Labor, dass es sehr schwer war, unsere Gelbanden unter dem Transilluminator zu erkennen. Da wir das Labor nicht verdunkeln konnten, haben wir kurzerhand ein schwarzes Tuch umfunktioniert und damit den Bereich vor dem Transilluminator verdunkelt. So konnten wir doch noch die richtigen Banden für eine Gelextraktion ausschneiden. Im Labor muss man manchmal kreativ sein, das merken wir immer wieder.

Redakteurin: Merrit Rothe

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Da wir in diesem Blog einige Fachbegriffe verwenden, haben wir uns überlegt, für die Leser ohne Kenntnisse in der synthetischen Biologie ein paar der wichtigsten Begriffe zu erklären. Hierfür führen wir den „Science Sunday“ ein und erläutern jeden Sonntag einen neuen Begriff aus unserem Laboralltag. Diesen Sonntag geht es um Plasmide: Ein Plasmid ist eine ringförmige DNA, die in Bakterienzellen vorliegt. Das besondere an Plasmiden ist, dass die Erbinformationen nicht wie gewöhnlich auf den Chromosomen liegen, sondern zusätzlich auf sogenannten Plasmiden in den Zellen vorkommen (extrachromosomale DNA). Der Nutzen für Bakterien liegt darin, dass sie so einfach Erbinformationen austauschen können. Plasmide werden in der synthetischen Zellbiologie genutzt, um Bakterien gezielt Eigenschaften zu verleihen oder zu verändern. Dabei werden Plasmide in Bakterienzellen eingebracht und so entstehen gen-modifizierte Organismen (GMOs). Die Größe von Plasmiden liegt zwischen 1-200 kb.

Redakteurin: Merrit Rothe

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Zu unserem letzten Seminar hatten wir ein zweites Mal Besuch von Dr. Mirko Himmel aus dem Zentrum für Naturwissenschaft und Friedensforschung (ZNF) der Universität Hamburg. Dr. Himmel war bereits im April einmal bei uns und hat uns in Bezug auf die Biosicherheit unseres Projekts beraten. Mit seiner Erfahrung bei der Risikoeinschätzung von biologischen Agenzien und bei der Entwicklung präventiver Methoden konnte er uns wertvolle Tipps mit auf den Weg geben. Außerdem hat er uns darauf hingewiesen, dass unser RNA-Logik-Ansatz bereits vom Grundkonzept her eine Sicherheitsmaßnahme beinhaltet. Diese liegt in der Tatsache, dass unsere Plasmide nur zusammen funktionieren und alleine keine Auswirkungen haben. Für den iGEM Wettbewerb ist dies ein Aspekt, den wir sehr gut anbringen können.

Redakteurin: Merrit Rothe

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Am Wochenende haben wir einen ganzen Seminartag veranstaltet und konnten viele Themen ansprechen, die den Rahmen unserer wöchentlichen Seminare sprengen würden. Dabei haben wir unter anderem einen ausführlichen Zeitplan bis zur Giant Jamboree in Boston aufgestellt. Die Übersicht seht ihr auf dem Foto. Bei einem Team von momentan 17 Leuten ist es sehr schwer, immer den Überblick zu behalten. Jeder hat neue Ideen und wenn die Dinge wie so oft nicht so funktionieren wie man sich das vorgestellt hat, dann verändert sich der Plan für unser Projekt sehr schnell. Von daher sind wir alle froh, dass wir uns dieses Wochenende die Zeit genommen haben, das Projekt einmal von vorne bis hinten zu besprechen und alle wieder auf den neusten Stand zu bringen.

Redakteurin: Merrit Rothe

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Heute haben wir die drei Standardplasmide pSB1A3, pSB1C3 und pSB1K3 von iGEM durch Transformation vervielfältigt, um genügend Backbone-DNA für unsere Klonierungen zu haben. Der letzte Buchstabe im Namen der Plasmide steht für die Antibiotikaresistenz, die das jeweilige Plasmid trägt. A heißt hierbei Ampicillin, ein Antibiotikum, dass bei der Teilung von Bakterienzellen die Ausbildung einer neuen Zellwand blockiert. Das C steht für Chloramphenicol, welches als Translationshemmer wirkt. Das dritte Antibiotikum, Kanamycin, wird mit K abgekürzt. Es stört wie Chloramphenicol die Proteinbiosynthese. Alle drei Antibiotika sind Bakterizide und führen somit zum Absterben von Bakterienzellen. Zudem handelt es sich bei den Plasmiden um high-copy Plasmide, das heißt, dass sie eine Kopienzahl von über 20 pro Zelle erreichen. Erfahrungsgemäß werden 100-300 Kopien pro Zelle erzielt. Eine hohe Plasmidkopienzahl führt auch zu einer hohen Genexpression, was diese Art von Plasmiden sehr beliebt macht. Das Plasmid pSB1C3 ist das sogenannte „Registry Shipping Plasmid Backbone“. Alle Bausteine für den iGEM-Wettbewerb müssen mit pSB1C3 eingereicht werden.

Redakteurin: Merrit Rothe

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Bei iGEM steht in ein paar Tagen eine wichtige Deadline an: die Einreichung unseres vorläufigen Sicherheitsformulars. Hier werden nicht nur Fragen zur allgemeinen Laborsicherheit wie Schutzkleidung, Arbeitsplatzsicherheit o.ä. gestellt, sondern vor allem die Sicherheit unserer Arbeit auf S1 Niveau überprüft. Dabei müssen wir besonders auf die Art der verwendeten Organismen, ihre Anwendung  im Projekt sowie ihre Risiken eingehen. Das Thema Biosicherheit ist ein essentieller Teil des iGEM Wettbewerbs und alle Teams müssen sich eingehend mit diesem Thema beschäftigen. Da das Ausfüllen des Sicherheitsformulars einige Zeit in Anspruch nimmt und eher zu den weniger angenehmen Dingen im Leben gehört, haben wir das ganze mit etwas Schönem verbunden und dazu Pizza bestellt! Eine Stärkung hatten wir auch nötig.

Redakteurin: Merrit Rothe

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Eine der Anwendungen für unsere Logic-Gates ist die Inhibition der Zellteilung durch eine sRNA. Dafür benutzen wir Elemente (z.B. Promotor, sRNA-Sequenz, Terminator) von unterschiedlichen Plasmiden. Die Sequenzen dieser Elemente werden mit Hilfe von Primern abgelesen, dann synthetisiert und letztendlich durch eine Golden-Gate-Assembly zu einem neuen Plasmid zusammengefügt. Wir haben insgesamt 16 Primer designed, in nächster Zeit haben wir also gut zu tun! Unsere bestellten Primer seht ihr auf dem Foto. Wir haben sie bereits bis zur Standardkonzentration von 100 µM verdünnt und in unsere Primer-Box einsortiert. 

Redakteurin: Merrit Rothe

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Im Labor läuft nicht immer alles rund. Im Moment hakt es etwas bei unseren Nanopartikeln. Wir möchten DNA an unsere Nanopartikel anhängen und dann die Nanopartikel als Vehikel verwenden, um die DNA in Bakterienzellen einzubringen. Allerdings war diese Art der Transformation noch nicht erfolgreich. Wir konnten noch nicht nachweisen, dass unsere  DNA an die Nanopartikel bindet und von den Bakterien aufgenommen wird. Um uns einen Plan zu überlegen, was wir als nächstes unternehmen wollen, haben wir erstmal Brainstorming betrieben und alle Ideen gesammelt. Das Ergebnis seht ihr auf dem Foto – eine ganze Menge Post-its!

Redakteurin: Merrit Rothe

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Anlässlich der diesjährigen Hamburger Innovationsmesse in der Fischauktionshalle, hat ein Teil unseres Teams den Fachbereich Chemie der Universität Hamburg vertreten. Dabei haben wir nicht nur unser aktuelles Projekt vorgestellt, sondern auch die Ergebnisse der letzten iGEM-Teams präsentiert. Das Interesse an iGEM war dabei sehr groß und wir konnten einige Besucher von unseren Projekten begeistern. Die Gelegenheit, unsere Arbeit einmal vor einem ganz anderen Publikum vorzustellen, war für uns eine tolle Erfahrung. Da wir in unserem Projekt auch einen Schwerpunkt im Bereich der Wissenschaftskommunikation setzen wollen, konnten wir hier gute Eindrücke zu dem Thema sammeln.

Redakteurin: Merrit Rothe

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In der Welt der Naturwissenschaften ist die Zusammenarbeit mit anderen Wissenschaftlern sehr wichtig. Denn so gerne man im vornherein plant und kalkuliert, im Labor ist letztendlich doch alles „try and error“. Ein paar Tipps von Kollegen sind da goldwert. Deshalb zählt bei iGEM nicht nur das Projekt, sondern auch die Zusammenarbeit  mit anderen Teams. Für eine Silbermedaille, setzen die Juroren mindestens eine Zusammenarbeit mit einem anderen Team voraus.Auf dem Foto seht ihr Stine und Alex, die an unserer ersten Kollaboration arbeiten. Sie telefonieren  mit dem Marburger Team, denn wir sollen ihre Parts in unserem Labor testen. Wir hoffen, dass bei uns alles genauso gut klappt wie bei ihnen im Labor. 

Redakteurin: Merrit Rothe

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Der Besuch unseres ersten Meetups in Bonn hat uns einiges gelehrt. Vor allem für unser Poster haben wir viele Verbesserungsideen. In Boston soll es schließlich perfekt sein. Eigentlich hatten wir in Bonn auch auf den ‚Best Poster‘ Preis gehofft, aber das Team aus Madrid hat mit einem 3D-Bild auf ihrem Poster einfach eine unschlagbare Idee gehabt. Es sei ihnen gegönnt – nächstes Mal ist unser Poster noch besser! Damit uns das auch gelingt, hat Prof. Ignatova mit uns ein Seminar zum Thema „Wie präsentiere ich richtig“ veranstaltet. Sie konnte uns viele wertvolle Tipps aus ihrer Erfahrung mitgeben und wir sind zuversichtlich, beim nächsten Meetup mehr Erfolg zu haben. 

Redakteurin: Merrit Rothe

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Dieses Wochenende waren wir mit neun Leuten in Bonn und haben unser erstes iGEM Meetup besucht. Meetups dienen dazu, andere Teams kennenzulernen, sich auszutauschen und auch Feedback zu seinem Projekt zu bekommen. Das Bonner Team hat dazu 25 Teams eingeladen und es kamen nicht nur Teams aus Deutschland – wir haben das Wochenende mit Franzosen, Schweizern, (einigen!) Niederländern und sogar Schweden verbracht. Das Meet up fand von Freitagmorgen bis Sonntagnachmittag statt und hatte viel zu bieten. Neben Vorträgen von Professoren der Uni Bonn haben sich auch einige Unternehmen vorgestellt und man konnte erste Kontakte mit der Industrie knüpfen. Zudem wurden Workshops zu den verschiedensten Themen angeboten. Besonders interessant waren ein Workshop zum Thema Fundraising und eine Podiumsdiskussion über das Arbeiten an der Universität oder in der Industrie. Abends ging es mit den anderen Teams gemeinsam zum Group Dinner und zu einer Stadtführung durch die alte Bonner Innenstadt. Wir haben sehr viel aus diesem Wochenende mitgenommen und danken dem Bonner Team für ihre tolle Organisation! Dieses Meetup wird ganz sicher nicht unser letztes gewesen sein.

Redakteurin: Merrit Rothe

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In den letzten Wochen haben wir viel im Labor gestanden und angefangen, unsere Projektideen zu verwirklichen. Leider mussten wir dabei oft erleben, dass im Labor selten etwas so klappt wie man sich das vorgestellt hat. Aber zum Glück haben wir uns und halten uns gegenseitig bei Laune. Denn der Spaß im Labor darf nicht fehlen. Auf dem Foto seht ihr Marie und Celine, die gerade Bakterien für eine Übernachtkultur picken. Ausnahmsweise hat nämlich mal eine Transformation geklappt! Je nach Plasmid, das wir transformieren, müssen wir sowohl beim Gießen der Kulturplatten als auch beim Ansetzen des Nährmediums der Übernachtkulturen das richtige Antibiotikum hinzugeben. Das Standard Plasmid bei iGEM (pSB1C3) besitzt eine Chloramphenicol-Resistenz. Solche Platten und Nährmedien werden wir daher in Zukunft noch oft herstellen. Da kann auch schon mal ein ganzer Nachmittag mit verbracht werden. Vor allem wenn man die letzten Platten verbraucht hat, weil man die Antibiotika-Resistenz vertauscht hat…

Redakteurin: Merrit Rothe

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Das neue Semester geht bald los und unsere Kommilitonen haben die Möglichkeit, noch bei iGEM einzusteigen. Daher haben wir uns überlegt, kommende Woche einen Infoabend zu veranstalten, um ein paar Leute für unser Team gewinnen zu können. Aber die Planung ist gar nicht so einfach. Für das Design unseres Werbeposters (s.Foto) haben wir schon eine ganze Weile gebraucht – viele Köpfe haben viele Ideen. Aber nun sind wir ganz zufrieden und hoffen, dass der ein oder andere zu uns findet.

PS: Zu unserem Seminarwochenende haben wir ein kleines Video zu den unterschiedlichen Klonierungsmethoden erstellt. Schaut es euch gerne auf unserer facebookseite an!

Redakteurin: Merrit Rothe

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Unser letztes Treffen haben wir genutzt, um ein langersehntes Gruppenfoto zu schießen. So bekommt Ihr einen Eindruck, wer alles hinter der Arbeit steckt, von der wir hoffentlich noch ganz viel in den folgenden Monaten berichten können. Aber nicht nur Euch wollten wir uns vorstellen,für den Erfolg eines iGEM Teams ist es wichtig, ein Netzwerk zu schaffen. Dabei geht es zum einen um die Präsentation des Teams in der Spenden- und Sponsoringwelt, schließlich sind wir für unsere Finanzierung selbstverantwortlich, und zum anderen um die Vernetzung mit anderen iGEM Teams, Wissenschaftlernund natürlich allen iGEM-Interessierten. Ein steter Austausch mit denverschiedenen Gruppen kann äußerst hilfreich sein und ist von iGEM mehr als erwünscht.Teams, die mit anderen Teams kooperieren oder versuchen, ihr Projekt verschiedenen Zielgruppen zugänglich zu machen, werden mit eigenen Preisen prämiert. Daher geben wir unser Bestes, um auch diesem Teil von iGEM – den wir als sehr wichtig empfinden – gerecht zu werden.

Redakteurin: Merrit Rothe

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Unser Thema steht fest und wir wollen endlich mit der eigentlichen Arbeit beginnen. Das Team besteht aus Studenten verschiedenster Studiengänge und vor allem unterschiedlicher Jahrgänge, daher haben einige bisher wenig Erfahrung mit der Laborarbeit im Gebiet der synthetischen Biologie. Aus diesem Grund haben wir am Wochenende ein Seminar zum Thema Klonierung veranstaltet. Diese Methode wird für uns einen wichtigen Teil der Laborarbeit darstellen und wir wollen allen die Durchführung erleichtern. Das alte iGEM Team von 2018 hat das Seminar geleitet und uns wertvolle Tipps aus ihrer iGEM-Zeit gegeben. Es ging vor allem um die drei gängigen Klonierungsmethoden Standard Assembly, Gibson Assembly und Golden-Gate-Klonierung (s. Foto) und deren Planung mit Hilfe der SnapGene Software. Aber auch Themen wie Primer-Design und Vektorauswahl wurden behandelt. Das Wochenende hat uns nicht nur viel Spaß gebracht, sondern wird uns den Start auch deutlich erleichtern.  Einen großen Dank an unsere engagierten Alt-iGEMler!  

Redakteurin: Merrit Rothe

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Bei unseren letzten Treffen haben wir unsere bisherigen Projektideen noch einmal umfassender recherchiert und überarbeitet. Bis zuunserem „Entscheidungstag“ sind dabei so gute Projekte entstanden, dass wir unsnicht entscheiden konnten, womit wir dieses Jahr bei iGEM antreten wollen. Kurzerhand haben wir uns einfach für alle drei der ausgearbeiteten Projekte entschieden. Wichtig war dabei für uns, dass wir nicht an drei Einzelprojekten arbeiten, sondern dass alle Themen zusammenpassen und wir am Ende ein Projekt präsentieren können. Aber worum geht es nun? Als Hauptthema haben wir die Entwicklung einer allgemein zugänglichen Plattform ausgewählt, die es Wissenschaftlern erleichtern soll, synthetische Biologie zu betreiben. Dazu wollen wir mit einer RNA-Logik arbeiten, die komplexe regulatorische Systeme zur Expression von Zielgenen  vereinfacht. RNAs werden dabei mit einfachen Logik-Operationen ausgestattet, die ein Zusammenspiel mehrer RNAs ermöglichen und komplexe Zwischenschaltungen vermeiden. Die anderen beiden Themen stellen Anwendungen dieser RNA-Logik dar. Zum einen versuchen wir Nanopartikel als effektive, alternative Transformationsmethode für Bakterien zu verwenden und zum anderen wollen wir therapeutische Plasmide entwickeln, die eine Alternative zu Antibiotika bieten.

Der erste Schritt Richtung Boston ist mit der Themenwahlgeschafft, nun geht es an die Umsetzung und wir freuen uns auf die nächsten Monate. 

Redakteurin: Merrit Rothe

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Seit Anfang des Wintersemesters hat sich das neue iGEM Team zu einer inzwischen fast 20-köpfigen Gruppe zusammengefunden. Dabei sind unterschiedliche Studiengänge wie Molecular Life Sciences, Nanowissenschaften, Chemie oder Biologie vertreten. Aber nicht nur die Studenten der MIN-Fakultät sind bei uns herzlich Willkommen. Jeder Student der Hamburger Universitäten, der Lust hat auf dieses tolle Projekt, kann gerne bei uns vorbeischauen!   
Im Moment sind wir mit der Themenfindung beschäftigt. Hierzu haben wir uns in Kleingruppen aufgeteilt und uns darin spannende Projekte für die neue iGEM Runde überlegt. Aber das ist gar nicht so einfach. Ideen haben wir viele, aber wir haben noch keinerlei Erfahrung darin einzuschätzen, was umsetzbar ist und was nicht. Zum Glück haben wir iGEM-ler aus den alten Teams an unserer Seite, die uns tatkräftig unterstützen, und die Arbeitsgruppe um Prof. Ignatova,die uns dabei hilft, auf dem Boden der Tatsachen zu bleiben. Auf dem Foto seht ihr die einzelnen Kleingruppen, die sich gegenseitig ihre Projektideen vorgestellt haben. Es geht von Nanopartikeln zur Wasseraufreinigung, einer Stickoxid-verstoffwechselnden Algenlampe bis zu einer Weiterentwicklung des letzten iGEM Projektes. Da wir verschiedene Projektansätze sehr interessant fanden und uns nicht gleich für ein Thema entscheiden konnten, werden wir zwei der Projektansätze etwas genauer in Augenschein nehmen und uns dann für ein finales Thema entscheiden. Bis dahin liebe Grüße aus dem iGEM-Labor!

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Über iGEM im Allgemeinen und unseren diesjährigen Erfolg beim Wettbewerb im Speziellen berichtete heute auch der Newsletter der Uni Hamburg.
 
Ihr wollt mehr erfahren? Hier der Link: www.uni-hamburg.de/newsroom/forschung/2018/1204-malaria-patent.html
 
Foto: UHH/Wohlfart

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Gestern Abend durften wir mit Frau Prof. Dr. Ignatova feiern. Zu unserer großen Freude wurde sie mit dem Mentoringpreis der Claussen-Simon-Stiftung ausgezeichnet und geehrt. Wir finden: Das hat sie sich redlich verdient! Herzlichen Glückwunsch nochmals und danke für die unermüdliche Unterstützung!
Foto: © Carolin Thiersch

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Wie auch schon letztes Jahr startet das inzwischen etablierte Modul Synthetische Biologie in eine neue Runde. Motivierte und engagierte Studierende aller Hamburger Universitäten haben die Chance ein eigenes selbsterdachtes Projekt zu entwickeln. Hier seht ihr Prof. Ignatova, die einen Vortrag zur Einführung in die synthetische Biologie für eine neue Generation an Studierenden hält. Bereits letzte Woche haben wir unser Projekt „Reagents of S.H.I.E.L.D.“ vorgestellt und dem neuen Team erste Tipps mit auf den Weg gegeben. Auch im kommenden Jahr werden viele von uns in beratender Tätigkeit anwesend sein, um zu unterstützen und diese einzigartige Lernerfahrung anderen Studierenden zu ermöglichen. So hoffen wir die Fackel weiterzugeben und sind gespannt, was das neue Team auf die Beine stellt. Falls ihr selber studiert und Interesse habt an selbstständiger Projektentwicklung auf dem Bereich der synthetischen Biologie, schreibt einfach eine Mail an igem.hamburg@gmail.com. MINT-Kenntnisse sind von Vorteil, aber mehr als außerordentliches Engagement braucht ihr nicht, um etwas beitragen zu können.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Wusstet ihr, wie groß iGEM wirklich ist?
Hier eine weitere Impression vom Giant Jamboree Ende Oktober. In diesem Jahr haben über 3000 Schüler und Studenten in Form von über 300 Teams am iGEM-Wettbewerb teilgenommen, Tendenz jährlich steigend.

Wir freuen uns darüber hinaus, das nächste iGEM-Team Hamburg begrüßen zu dürfen. Gestern durften wir viele Motivierte empfangen und von unseren zahlreichen, vielfältigen Erfahrungen berichten, die sich im Laufe eines ganzen Jahres praktischer Arbeit angesammelt haben. Der grandiose Abschluss war natürlich das Giant Jamboree!

© iGEM Foundation and Justin Knight

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Der letzte Tag des Giant Jamboree ging für uns sehr freudig zu Ende. Im Rahmen einer tollen Zeremonie, wurden die Ergebnisse aller Teams bekannt gegeben.
Zum allerersten Mal durften wir als iGEM Team Hamburg Gold mit nach Hause nehmen!
Wir sind stolz und freuen uns sehr über diesen riesigen Erfolg.

Wir möchten uns noch einmal herzlichst bei allen bedanken, die uns unterstützt haben. Insbesondere gilt unser Dank der Arbeitsgruppe von Frau Prof. Ignatova und allen, die uns finanziell unterstützt haben und somit diese tolle Reise ermöglich haben!

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Heute war unser großer Tag!
Wir durften unser Projekt vor den anderen Teams und Juroren präsentieren. Nach großartigem Feedback und inspirierenden Diskussionen geht unser Tag zu Ende.
Wir freuen uns auf einen weiteren spannenden Tag mit interessanten Vorträgen, Postersessions und Workshops.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Nach einigen Komplikationen mit unseren Anschlussflügen, sind wir gestern Nacht in Boston angekommen. Heute war der erste Tag der großen Abschlussveranstaltung, das Giant Jamboree. Wir haben bereits viele spannende Projekte kennenlernen dürfen und die ersten Postersessions sowie Vorträge genossen. Morgen ist unser großer Tag: Unser Projektvortrag steht an. Nun heißt es: Daumen drücken!
 
Für tägliche Updates besucht gerne auch unseren Twitteraccount unter folgendem Link:
twitter.com/igem_hamburg

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Kurzer Nachtrag zur vergangenen Woche, in der so viel passiert ist:
Anfang der Woche konnten wir endlich unsere Lockstoffe und das Insektizid an Mücken testen. Es war eine tolle Erfahrung und hat uns viel Neues gelehrt.

Vielen Dank nochmals ans BNI, das uns so vielfältig bei unserer Arbeit unterstützt hat.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Am frühen Donnerstagmorgen konnten wir erfolgreich die letzte und wichtigste Deadline des Wettbewerbes hinter uns lassen: Den Wikifreeze. Hierbei werden alle online erstellten Projektberichte "eingefroren" und bewertet.

Neugierig auf unsere Website? Dann besucht uns unter: 2018.igem.org/Team:Hamburg

Derzeit erstellen wir fleißig unser Poster und unsere Projektpräsentation, denn am kommenden Mittwoch geht es los - das Giant Jamboree in Boston! Hier werden über 300 iGEM-Teams aus der ganzen Welt ihre Projekte vorstellen; wir sind schon sehr gespannt!

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Wer hart arbeitet, braucht ab und zu auch Pausen! Hier sind wir für einen kurzen Abstecher beim Eisbäcker.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Wir freuen uns, dass wir zwei weitere, sehr interessante Interviews mit Experten der Malariaforschung führen durften.

Herr Dr. Jacobs vom Bernhard Nocht Institut für Tropenmedizin forscht im Bereich der Immunologie. Durch ihn konnten wir weitere spannende Einblicke in die Ausbreitung von Malaria-übertragenden Mücken erhalten. Zudem wurden gestern mit seiner Hilfe die ab Dienstag anstehenden Mückenexperimente weiter geplant. Wir sind sehr glücklich über die Möglichkeit solche Experimente in der kommenden Woche durchführen zu können.

Herr Dr. Hammond ist Post-Doc am Imperial College in London. Neben einer kurzen Einführung in die Thematik seiner Forschungsarbeiten, diskutierten wir sehr ausgiebig über die Vorteile unseres Projektes und mögliche Verbesserungsmöglichkeiten.

Nur noch vier Tage bis zum Wiki Freeze! Deswegen arbeiten wir jetzt Tag und Nacht an der Fertigstellung unserer Wikiartikel.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Gestern konnten wir erfolgreich eine der wichtigsten Deadlines hinter uns lassen, die sogenannte DNA Submission. Hierbei haben wir die wichtigsten Bausteine unseres Projektes an iGEM versandt.

Übergeordnetes Ziel von iGEM ist es, sogenannte BioBricks zu designen und allen anderen Teams zur Verfügung zu stellen. Dies sind DNA-Bausteine, die bestimmte Kriterien erfüllen müssen, damit ein Arbeiten nach dem Legoprinzip ermöglich wird. Teams können somit fast uneingeschränkt bereits vorhandene Bausteine miteinander kombinieren und weiter ausbauen.

Die nächste bevorstehende Deadline wird dann der sogenannte Wiki Freeze am kommenden Mittwoch sein. Bis dahin müssen alle Teams ihre Projektbeschreibungen und Ergebnisse im sogenannten Wiki hochgeladen haben. Ein Link zu unserem Wiki folgt in Kürze.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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In der letzten Woche ist im Labor sehr viel passiert! Unsere Schichten werden immer länger, unsere Motivation steigt von Tag zu Tag. In einer Woche müssen alle unsere Vektoren eingeschickt werden, in zwei Wochen ist die Abgabe unseres Projektberichtes fällig.  

Wir können aber auch immer mehr Erfolge verzeichnen! Es ist uns gelungen, die Laktatdehydrogenase nachzuweisen, ein wichtiges Enzym für die Synthese unserer Lockstoffe. Auch der letzte Woche gezeigte Western Blot hat erfreuliche Ergebnisse gezeigt: Unsere Bakterien können unser Toxin tatsächlich problemlos herstellen.

Sogar Konstrukte, die uns bisher Schwierigkeiten bereitet haben, lassen nun einen Hoffnungsschimmer erkennen. Auf der abgebildeten Agarplatte sind mehr Kolonien gewachsen als in den gesamten letzten Wochen. Nun heißt es: Daumen drücken, dass auch etwas Positives dabei ist!

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Heute konnten wir beginnen, sowohl einen unserer Lockstoffe als auch unser Insektizid zu charakterisieren. Wie hier zu sehen ist, werden wir hierbei zunächst eine SDS-PAGE und anschließend eine Coomassie-Färbung bzw. einen Western Blot machen.
Unsere Spannung steigt! Zum einen, weil es für die meisten von uns eine neue Methode ist und zum anderen, weil wir endlich sehen werden, ob unser Insektizid auch produziert wird! Erste Unterschiede im Wachstumsverhalten unserer E. colis, die unsere Stoffe synthetisieren, konnten schon beobachtet werden!

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Das beigefügte Video zeigt, wie wir in der vergangenen Woche Alginatkapseln synthetisiert haben, die später die Bakterien in unserer Moskitofalle umschließen sollen.
Derzeit werden diese auf Säurebeständigkeit geprüft. Ergebnisse hierzu folgen!

www.youtube.com/watch

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Diese bunten Postkarten haben uns kürzlich erreicht und ein Lächeln aufs Gesicht gezaubert. Sie stammen von vielen anderen iGEM Teams, die auch am Postkartenprojekt des Teams der Heinrich Heine Universität Düsseldorf teilgenommen haben. Die tollen Karten enthalten Informationen und Grüße der anderen iGEM-Teams und zieren nun unser Labor.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Ende letzter Woche durften wir Altona Diagnostics, einem unserer Sponsoren, einen Besuch abstatten. Im Rahmen des Treffens konnten wir unser Projekt vorstellen und haben viele neue Anregungen mit nach Hause genommen.
Vielen Dank, Altona Diagnostics!

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Wir freuen uns heute, von einem sehr spannenden Treffen mit der Deutschen Malaria Gesellschaft (DMG) berichten zu können. Die DMG ist ein Unternehmen, welches an der Entwicklung von Medikamenten gegen Malaria explizit Fosmidomycin arbeitet.
Zunächst haben wir unser Projekt vorgestellt, erklärt und Fragen beantwortet. Der Direktor der DMG, Dr. David Hutchinson, der Tropenmediziner mit 50 Jahren Erfahrung im Kampf gegen Malaria ist, verwies uns unter anderem auf die vielfältigen Anwendungen unseres Projektes und wird uns noch weiteren Kontakt zu wichtigen Forschungsinstituten in Afrika vermitteln.

Vielen Dank nochmal für dieses bereichernde Gespräch! Wir sind gespannt, was noch alles passiert!

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Wie bereits beschrieben wurde, arbeiten wir mit vielen anderen iGEM-Teams zusammen. Natürlich freuen wir uns besonders, auch andere Teams bei ihren Projekten zu unterstützen.

In dieser Woche kam dieses tolle Paket vom iGEM-Team Marburg an. Nun werden wir in den folgenden Tagen mithilfe der beigefügten Anleitung einige Experimente durchführen, um unsere Kollegen aus Marburg mit weiteren Daten zu füttern.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Nach den Erfolgen im Biochemielabor können wir nun auch erste Ergebnisse im Chemielabor vorzeigen! Hier zu sehen ist, wie das zuerst noch gelöste Polymer, das einmal unser Hydrogel werden soll, in Aceton ausfällt. Nach dem Waschen und Trocknen steht unser ersten Gelierung nichts mehr im Weg!

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Seit Anfang dieser Woche haben wir endlich mit dem Abreiten in unserem Chemielabor begonnen. Hier zu sehen ist Martin, der die ersten Experimente für die Synthese eines Hydrogels durchführt.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Am vergangenen Freitag hatten wir im Rahmen des sogenannten Pizzafreitags am Schülerforschungszentrum (SFZ; www.sfz-hamburg.de) die Möglichkeit hoch interessierten Schülerinnen und Schülern zum Einen den iGEM-Wettbewerb zu erklären und zum Anderen unser diesjähriges Projekt vorzustellen. Vielen Dank für die spannenden Fragen und die tolle Atmosphäre!
 
Vielleicht entsteht aus dieser Kollaboration in den kommenden Jahren ja sogar ein Hamburger "High School" Team bei iGEM.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Wie in jedem Labor gehört auch für uns das Erledigen von Routineaufgaben wie beispielsweise dem hier gezeigten Spitzenstecken oder auch Autoklavieren dazu.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Damit wir alle fleißig beim Erstellen unseres Projektberichtes bei iGEM (dem sogenannten "Wiki") mithelfen können, haben wir uns am vergangenen Wochenende getroffen, um die hierfür benötigten Programmierungsgrundlagen zu erwerben. Gegenseitig haben wir uns bei Übungen zum Erstellen von HTML-Websites geholfen. Jetzt fühlen wir uns fit und können endlich mit dem Programmieren anfangen!

Redakteurin: Nele Burckhardt

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In Zusammenarbeit mit zwei iGEM-Teams aus 2017 - Düsseldorf und Köln - haben wir kürzlich Plasmide erhalten, die wir für unser Projekt nutzen wollen.
 
Diese DNA ist auf Papier aufgebracht und kann dadurch einfach per Post verschickt werden. Hier ist zu sehen, wie wir die DNA in Wasser lösen, damit wir die Plasmide wieder wie gewohnt benutzen können.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Am Ende unseres Jahres bei iGEM werden wir ein sogenanntes Wiki schreiben. Das ist eine Website, auf der wir die Durchführung und Ergebnisse unseres Projektes dokumentieren. Auch Porträtfotos jedes Teammitgliedes sind Teil davon - diese wurden heute in der Speicherstadt und im Hamburger Hafen gemacht.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Seit letzter Woche ist es offiziell - wir kooperieren mit dem renommierten Bernhard-Nocht-Institut für Tropenmedizin! In einem ersten Gespräch mit Herrn Dr. Jacobs konnten wir erste Details einer Kooperation klären.
Wir freuen uns sehr, mit Unterstützung des BNIs unsere Moskitofalle und deren einzelne Komponenten zu testen. Mehr dazu, wenn die Experimente begonnen haben!

(Logo: www.bnitm.de)

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Seit einigen Wochen haben wir als Team über eine mögliche Patentanmeldung unseres Projektes gesprochen. Nachdem nun die formalen Grundlagen zwischen der Universität Hamburg und uns als Erfinderteam geklärt wurden, folgte am Freitag ein Treffen mit Tutech, unserer Patentverwertungsagentur. Hierbei wurden weitere Details der Patentierung unseres Projekts besprochen. In den kommenden Wochen werden wir mit ihnen die Patentschrift ausarbeiten. Vielen Dank an die Uni und an Tutech für die großartige Möglichkeit!

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Gestern hatten wir die Ehre, Dr. Mirko Himmel für ein Interview über Aspekte der Biosicherheit unseres Projektes zu gewinnen. Vielen Dank für das tolle Gespräch! Derzeit befindet sich das Video in der Bearbeitung für unser Wiki (unserer Website, auf der wir als Team die Ergebnisse unserer Arbeit vorstellen).

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Nach einem letzten interessanten Tag, verabschiedeten wir uns am Sonntag von den anderen Teams. Mit vielen neuen Eindrücken und Anregungen kehrten wir nach Hamburg zurück. Es war wirklich eine sehr bereichernde Tagung! Großer Dank gilt auch dem Münchener Team, das das Meet-up so hervorragend organisiert hat.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Neben vielen spannenden Workshops ging es auch am Samstag weiter mit einem bunten Programm. Hier zu sehen ist das Team Eindhoven, einer unserer zahlreichen potentiellen Kollaborationspartner. 

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Die lange Anreise zum European iGEM Meet-up in München hatte sich am vergangenen Wochenende deutlich gelohnt. Gleich zu Beginn der ereignisreichen Tagung hatten alle Teams die Möglichkeit, ihr Projekt vorzustellen und die Projekte der anderen kennenzulernen. Wir haben viel über die anderen Teams erfahren und auch tolle Anregungen und Ideen für unser eigenes Projekt mitgenommen!

Redakteurin: Nele Burckhardt

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In der vergangenen Woche wollten wir uns als iGEM-Team bei der Arbeitsgruppe von Frau Professor Igantova einmal herzlich bedanken. Und das nicht nur für das von der AG bereitgestellte Labor, das wir für unsere Experimente nutzen dürfen, sondern auch für ihre wissenschaftlichen Ratschläge. Unter diesem Motto wurde am vergangenen Mittwoch gegrillt. Eingeladen waren neben der AG natürlich auch alle Teammitglieder der vergangenen iGEM-Teams.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Wie bei jedem naturwissenschaftlichen Forschungsprojekt gibt es neben den Experimenten auch immer einen theoretischen Teil. Hier ist zu sehen, wie ein Teil des Teams fleißig neu erzeugte Daten auswertet.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Um unser Arbeiten im Labor noch effizienter zu gestalten, haben wir in dieser Woche begonnen, eine für uns neue Klonierungsmethode auszuprobieren. Sie heißt "Golden Gate Assembly" und ermöglicht es, verschiedene DNA-Inserts in einem Schritt in einen Vektor zu klonieren. Sollte alles klappen, würden wir viel Zeit sparen. Heute konnten wir erfreulicherweise zeigen, dass die vorbereitende PCR erfolgreich verlaufen ist.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Heute freuen wir uns das diesjährige Logo des Projektes vorzustellen. Obwohl wir inhaltlich noch nicht so viel über unser Projekt erzählt haben, hier unser erster Tipp!

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Am letzten Mittwoch haben wir - fast vollzählig - unser diesjähriges Gruppenfoto in unserem Labor aufgenommen. Unser Team besteht in diesem Jahr aus rund 20 Studierenden aus verschiedenen Fachbereichen wie der Biologie, der Chemie, der Nanowissenschaften, der Ingenieurswissenschaften und der Molecular Life Sciences. Vor allem die interdisziplinäre Arbeit über Studiengangs- und Semestergrenzen hinaus zeichnet iGEM aus.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Das Projekt unseres diesjährigen iGEM-Teams läuft super!
Hier sieht man einige unserer Ligationen, die gerade mithilfe einer Colony-PCR auf das richtige Konstrukt überprüft wurden. Zu unserer großen Freude, haben viele Ligationen geklappt, was uns mit großen Schritten weiter voranbringt. In dieser Woche werden einige Parts auf ihre gewünschten Eigenschaften überprüft; in der kommenden Woche wird sogar eine für uns neue Methode ausprobiert. Mehr dazu nächste Woche!

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Studierende zu einem kostenlosen Seminar einladen und im Gegenzug sogar eine Förderung bekommen? Das geht!
Am letzten Donnerstag war MLP bei uns zu Gast und hat uns viele nützliche Steuertipps für Studierende gegeben. Spaß hat es gemacht und außerdem gab es Unterstützung für unsere Reise nach Boston. Eine Win/Win-Situation!

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Ein wichtiges Ziel des iGEM-Wettbewerbes ist es, Kollaborationen aufzubauen und effektiv zu nutzen. Letzte Woche konnten wir durch ein Skype-Gespräch mit dem iGEM-Team Düsseldorf ersten Kontakt herstellen und haben viele Punkte gefunden, in denen wir uns gegenseitig unterstützen können. Nun warten wir gespannt auf unsere Cyanobakterien und hoffen, auch dem Düsseldorfer Team durch unsere Biobricks helfen zu können.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Herzliche Grüße vom diesjährigen German iGEM Meet-up in Marburg! Wir hatten eine tolle Zeit, in der wir mit vielen Teams aus ganz Deutschland in Kontakt gekommen sind. Mit neuen Kollaborationen und vielen neuen Ideen sind wir nun wieder zurück in Hamburg.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Weiterhin läuft es im Labor richtig gut! Neben den ersten Charakterisierungen konnten wir sogar schon mit dem erstellen, neuer Parts, die erst kürzlich designt wurden, beginnen.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Gestern hatten wir Herrn Dr. Mirko Himmel vom Zentrum für Naturwissenschaft und Friedensforschung zu Gast. Nach einer Einführung in die Dual Use Problematiken, diskutierten wir über potentielle Sicherheitsprobleme unseres Projektes.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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In der letzten Woche konnten wir unseren ersten Part charakterisieren. Wir hoffen, auch bald weitere Parts auf ihre Eigenschaften überprüfen zu können.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Nun endlich sind unsere Distribution Kits für 2018 angekommen! Mit der Laborarbeit kann es nun fleißig mit den neu eingetroffenen Parts weitergehen.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Mit Moderation von Elli (Team 2017) konnten wir in der letzten Woche über unsere allgemeine Stimmung und Motivation sprechen. Ergebnis unserer Gruppensitzung: Die Stimmung im Team ist erstaunlich gut! Gut gelaunt und optimistisch widmen wir uns nun wieder der Arbeit im Labor.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Voll motiviert haben wir das letzte Wochenende zur weiteren Projektplanung genutzt. Neben einer Einführung in das Programm Snapgene konnten wir alle etwas zum weiteren Voranschreiten des Projektes beitragen, indem wir neue Ziele gesetzt und Parts designt haben.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Nach unserem wöchentlichen Seminar nutzten wir das schöne Wetter und genossen gemeinsam das erste Eis des Jahres. Das hatten wir uns redlich verdient, denn im Labor geht es gerade mit Volldampf voran!

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Wie jedes wissenschaftliche Projekt muss auch unser Projekt gut geplant werden. Damit wir alle immer auf dem gleichen Stand sind, gibt es die wöchentlichen Laborbesprechungen. Hierbei besprechen wir den Stand der Experimente und überlegen unser weiteres Vorgehen. Auch für allgemeine Anliegen bleibt immer noch Zeit.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Das Thema unseres diesjährigen Projektes steht fest! Ziel wird es in diesem Jahr sein, mithilfe einer Moskitofalle, das Vorkommen der Anophelesmücke (dem Hauptüberträger der Malaria) einzudämmen. Hierfür wird auch im Labor schon fleißig gearbeitet.

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Nachdem nun seit letztem Freitag unser diesjähriges Projekt feststeht, folgte auch prompt die erste Sicherheitsunterweisung. Ab nächster Woche werden wir im Labor starten!

Redakteurin: Nele Burckhardt

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Zu Beginn des Wintersemesters und damit einer neuen Runde iGEM, stellten Shanti und Martin aus dem Team von 2017 ihr Projekt vor. Dies ermöglichte uns erstmals einen Einblick in den Aufbau eines Projektes und lieferte Inspirationen für unsere eigenen Projekte.

Redakteurin: Elisabeth Orlowski

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Motiviert im Labor - schließlich ist eh kein Sommer in Hamburg, den man verpassen könnte, also vermissen wir nichts und können uns ganz auf unser Projekt konzentrieren! Inzwischen haben wir uns in unserer neuen Arbeitsgruppe sehr gut eingelebt und auch schon einige neue Methoden in unsere tägliche Arbeitsweise übernommen.

Redakteurin: Elisabeth Orlowski

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Aufgrund von Brandschutzmängeln die im Zuge der Begehung zwecks geplanten Umbaus der Chemie festgestellt wurden sind die Institute der Organischen, der Anorganischen und eben auch der Biochemie bis auf Weiteres geschlossen. Zum Glück hatten wir eh schon angefragt ein Labor mit höherer Sicherheitsstufe im AK Heisig benutzen zu dürfen, da unsere Versuche das erfordern. So kann das iGEM Labor jetzt einfach umziehen und die Laborarbeit wie gewohnt weiterlaufen.

Redakteurin: Elisabeth Orlowski

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Unser Team setzt sich aus Studierenden aus sechs verschieden Studiengängen zusammen, interdisziplinäres Arbeiten ist also bei uns an der Tagesordnung. Worauf man dabei achten muss, vor Allem beim Umgang miteinander hat uns Mirjam Braßler in einem Seminar erklärt. Das neue Wissen haben wir auch gleich angewendet und einen geselligen Grillabend organisiert.

Redakteurin: Elisabeth Orlowski

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Am 3. Juli hatten wir Rolf Müller den Leiter des Helmholtz Zentrums für Infektionsforschung in Saarbrücken als Gastredner zu Besuch. Abgesehen von einem sehr spannenden Vortrag über Antibiotika Forschung und resistente Bakterien hat uns Herr Müller einige wichtige Anregungen gegeben, wie wir unser Projekt noch verbessern können. Diese haben wir auch direkt berücksichtigt und sind aktuell dabei sie in unseren Laborplan einzuarbeiten.

Redakteurin: Elisabeth Orlowski

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Um unser Lernkonzept den Experten vorzustellen, haben wir am 30. Mai zusammen mit dem Fachschaftsrat Erziehungswissenschaften eine Infoveranstaltung für Lehramtsstudierende organisiert. Es gab einiges an positiver Rückmeldung und direkt ein neues Teammitglied.

Redakteurin: Elisabeth Orlowski

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Seit einigen Wochen sind nun unsere von IDT synthetisierten Gene da und wir können damit weiterarbeiten. Inzwischen klappt auch mit allen Genen die Amplifikation. Wir sind auf dem richtigen Weg!

Redakteurin: Elisabeth Orlowski

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Nach langen Verhandlungen hat unser Team aus Grafik Studierenden uns den Vorschlag für einen phantastischen Titel präsentiert und nun ist auch das Logo fertig! Auch in diesem Jahr wollten wir unser Forschungsthema mit einem Filmtitel verknüpfen, was mit "Resistent Germs and how to fight them" auf jeden Fall erfolgreich war. Wir bedanken uns ganz herzlich bei unseren Grafikern für das tolle Logo!

Redakteur: Shanti Ricke

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Vor 3 Wochen haben wir unser Projekt und das dahinterstehende Lehrkonzept vor einem gemischten Publikum aus Studierenden, Professor*innen, und Industrievertreter*innen vorgestellt. Der Vortrag erfuhr eine gute Resonanz und es konnten auf der begleitenden Messe wichtige Kontakte geknüpft werden.

Redakteur: Shanti Ricke

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Vor zwei Wochen hatten wir Besuch von Mirko Himmel, von der Forschungsstelle Biowaffenkontrolle vom ZNF. Keine Sorge wir haben ihn eingeladen ;). Thema des Seminars waren potentielle Dual Use Aspekte unseres Projektes und die ethische sowie rechtliche Verantwortung von Wissenschaftlern.

Redakteur: Shanti Ricke

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Beim letztwöchigen Seminar gab es außer der Reihe einen Vortrag von unserer secondary PI Dr. Frauke Adamla zum Thema: "Wie führe ich ein Laborbuch?". Dies ist besonders wichtig, da es für uns bald ins Labor gehen soll und dort alles ordnungsgemäß und standardisiert erfasst werden muss.

Redakteur: Shanti Ricke

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Da wir mit unserem Projekt auch dieses Jahr am iGEM Wettbewerb teilnehmen möchten, hat uns letzte Woche unser Advisor Daniel, einer der Teamleiter des letzten Jahres, Einiges zu den Bedingungen erzählt.

Redakteur: Shanti Ricke

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Vor einigen Wochen haben wir uns in Kleingruppen aufgeteilt, um verschiedene spannende Themenvorschläge für unser studentisches Forschungslabor auszuarbeiten. Hier seht ihr unser Team zwischen den Vorträgen. Heute geht die Entscheidungsfindung weiter. Welches Thema wird es wohl schaffen?

Redakteur: Shanti Ricke

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Nach unserem Treffen mit der Claussen-Simon-Stiftung haben wir die ersten Schritte auf dem Weg zur Vereinsgründung eingeleitet. Hiermit wollen wir unser Projekt, soweit möglich aber auch andere Studentenlabore an der Uni Hamburg, unterstützen.